Joao Pacheco pełnił wiele najwyższych stanowisk w Komisji Europejskiej aż do przejścia na emeryturę w 2013 roku. W latach 2011–2013 był Zastępcą Dyrektora Generalnego w Dyrekcji Generalnej ds. Rolnictwa Komisji Europejskiej, odpowiedzialnym za zarządzanie polityką w zakresie unijnych płatności bezpośrednich oraz rynków rolnych. W 2013 roku był głównym negocjatorem Komisji Europejskiej w rozmowach z współprawodawcami – Parlamentem Europejskim i Radą UE – dotyczących reformy Wspólnej Polityki Rolnej Unii Europejskiej. Jako przedstawiciel Komisji Europejskiej w negocjacjach reformy rynków rolnych i wsparcia wewnętrznego odegrał kluczową rolę w osiągnięciu porozumienia politycznego z pozostałymi dwiema instytucjami UE w czerwcu 2013 roku.
Wcześniej, w latach 2005–2011, Joao Pacheco pełnił funkcję Ambasadora Unii Europejskiej w Brazylii. Na tym stanowisku odegrał istotną rolę w promowaniu ustanowienia Strategicznego Partnerstwa UE–Brazylia, które zapoczątkowało dwustronne konsultacje w wielu kluczowych obszarach. Obecnie jest Senior Fellow w think tanku Farm Europe oraz niezależnym konsultantem.